自 2002 年以来，先后承担纵向课题 191 项。其中 潘晓玲 教授任首席科学家主持 973 项目《中国西部干旱区生态环境演变与调控研究》 1 项，国家重点基础研究发展规划项目课题（ 973 项目） 2 项，国家“ 863 ” 项目 1 项，国家自然科学基金项目 9 项，国家教育部科研骨干教师资助项目 4 项，教育部重点项目 1 项，教育部“春晖计划”项目 12 项，中科院“西部之光” 项目 1 项，自治区高校科研计划项目 4 项，新疆创新研究群体基金项目 1 项，其他厅局级项目 18 项。承担横向课题 57 项。科研总经费达 1900 万元。在国内外重要学术刊物上发表论文 208 篇，被 SCI 收录 2 篇、 EI 49 篇、重要核心期刊 45 篇，编辑会议论文集 2 部，出版专著 2 部； 12 项成果获奖， 2003 年获新 疆首届青年科技奖、新疆科技进步二等奖、新疆第七届自然科学优秀论文一等奖、三等奖各 1 项， 2004 年获新疆社会科学优秀成果二等奖 1 项、 2005 年获新疆科技进步二等奖、新疆第八届自然科学优秀论文一等奖、三等奖各 1 项； 有 3 项成果通过鉴定， 2 项达到国内领先水平、 1 项达到国际先进水平。 自成立以来，新疆绿洲生态重点实验室在其主要研究方向上取得了一系列重要进展并开展了一些创新性研究。
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